病毒載體構建穩定細胞株有什么優勢？
　　化學試劑介導的轉染方法和電轉，整合率低，同時整合位點不穩定，易發生再次丟失的情況，而且整合位點一般都在轉錄活躍區之外，所以并不是理想的穩定整合工具。另外，整合后的拷貝數是由核內的外源DNA局部濃度，而不是轉染時的DNA的量決定，而化學方法在輸入質粒載體入核的效率比電轉和病毒載體相比要低得多，導致其轉染相同細胞所用質粒載體用量要大大高于其它方法，造成入核質粒載體量難以控制，這也解釋了為什么化學轉染方法和其它兩種方比，更傾向于得到串聯多拷貝。以上種種因素，導致使用非病毒載體轉染方法構建穩定株，成功率低，穩定性差，穩定克隆株易出現不均一(含有非整合細胞)等缺點。
　　逆轉錄病毒載體由于整合率高，是非常理想的穩定株構建工具。而且通過控制逆轉錄病毒載體轉導的實驗條件，理論上可以確保每個細胞只有單拷貝插入。同時由于病毒載體是通過病毒重組酶將外源片段整合入染色體中，其整合特性和病毒自身整合特性非常相似：偏向于轉錄活躍區段，且整合后非常穩定，在傳代100次后仍然保留在宿主基因組中。重要的是整合幾率和所有其它化學，物理轉染方法比，增加5至6個數量，使得穩定株構建不再成為實驗研究的障礙。由于整合幾率非常高，所以很容易獲得混合穩定株。
　　腺病毒載體整合率和普通轉染方法差異不大，被認為是不能整合的一類病毒載體，因此相關研究數據較少，不建議用來構建穩定株。非野生型腺相關病毒載體(Rep-)整合率較低，但因為野生型病毒載體可以定點將病毒基因組整合于人19號染色體，所以從安全性和穩定性角度來說，潛力都非常巨大。由于諸多因素，研究人員仍然在對其進行改造中，包括考慮到嚙齒類動物不含有人19號染色體對應的整合位點序列。